Infrastruktur der StruBiTEM-Anlage
Die StruBiTEM-Einrichtung ermöglicht den Zugang zu einem High-End-Kryo-Elektronenmikroskop zur Analyse vitrifizierter Proteine, Proteinkomplexe und anderer Proben mit nahezu atomarer Auflösung. Außerdem verfügen wir über ein spezielles Screening-Mikroskop für die vorläufige Charakterisierung von Proben bei Raumtemperatur. Diese Bildgebungsmöglichkeiten werden durch Instrumente für das (halb-)automatische Einfrieren von Proben sowie eine GPU-Recheninfrastruktur für die Datenanalyse unterstützt.
Hochaufgelöste Bildgebung
Die StruBiTEM-Einrichtung bietet Zugang zu einem High-End-Kryo-Elektronenmikroskop zur Aufnahme von Bildern/Movies vitrifizierter Proteine, Proteinkomplexe und anderer Proben mit nahezu atomarer Auflösung.
Die hochauflösende Bildgebung wird durch ein vollautomatisches ThermoFischer Titan Krios Elektronenmikroskop ermöglicht. Dieses 300 kV-Mikroskop ist mit einem Direktelektronendetektor der neuesten Generation (ThermoFischer Falcon III) für empfindliches Imaging, einer Phasenplatte mit elektrostatischem Potential (ThermoFischer Volta Phase Plate) für kontrastreiches Imaging von Proben bei niedrigen Defokussierungswerten und einer optimierten Feldemissionskanone für höhere spektrale Kohärenz und größere Helligkeit (ThermoFischer X-FEG) ausgestattet.
Das Mikroskop ist mit einem automatischen Probenlader, einer automatischen Flüssigstickstoffbetankung und einer speziellen Steuerungssoftware ausgestattet, die die Aufnahme von Datensätzen rund um die Uhr mit minimaler Benutzerinteraktion ermöglicht.
Probenevaluation
Zur Analyse von negativ gefärbten Proben steht ein ThermoFischer Talos L120C Side-Entry-Elektronenmikroskop zur Verfügung, das bei 120 kV betrieben wird. Dieses Mikroskop ist mit einer CMOS-Kamera mit hoher Bildrate (ThermoFischer Ceta 16M), einem Stickstoffdewar mit großem Fassungsvermögen und einer speziellen Steuerungssoftware ausgestattet, die die automatisierte Aufnahme von Datensätzen ermöglicht.
Dieses Mikroskop dient zur Analyse Ihrer negativ kontrastierten Proben, entweder zur (biochemischen) Optimierung Ihrer Probe oder zur Erfassung eines ersten Datensatzes, z. B. zur Erstellung eines ersten Modells oder zur Lösung einer wissenschaftlichen Frage.
Probenvorbereitung
Wir unterstützen die Nutzer sowohl bei der Vorbereitung von negativ kontrastierten Proben als auch bei der Vorbereitung von vitrifizierten Proben. Für letztere bieten wir Zugang zu zwei (halb-)automatisierten Plunge Freezern (ThermoFischer Vitrobot Mark IV, Gatan Cryoplunge 3). Selbstverständlich ermöglichen wir auch Zugang zu allen für die Probenvorbereitung erforderlichen Hilfsgeräten wie Plasma Cleaner, Trockenöfen, Vakuumpumpen usw.
Datenanalyse
Die mit unseren Mikroskopen aufgenommenen Daten werden automatisch vorverarbeitet, so dass die Nutzer sofort und in Echtzeit Zugriff auf bewegungskorrigierte und dosisgewichtete Bilder sowie auf alle wichtigen CTF-Parameter haben. Selbstverständlich stehen den Nutzern der Plattform auch die Rohbilder zur Verfügung.
Für die Rekonstruktion bieten wir einen (begrenzten) Zugang zu unserer GPU-Recheninfrastruktur sowie Unterstützung bei der Durchführung dieser Rekonstruktionen am RRZK. Wir können auch Unterstützung bei der Datenverwaltung und -archivierung anbieten, obwohl wir selbst nicht für alle Nutzer Speicherplatz zur Verfügung stellen können. Wenn Sie IT-Unterstützung benötigen, nutzen Sie bitte unseren Slack-basierten Hilfekanal.